Ele estava com mandado de prisão em aberto há mais de cinco anos, tendo sido condenado em 2012 pelo Tribunal Regional Federal da 5ª Região a pena de (cinco anos e oito meses) de reclusão, a ser, inicialmente, cumprida em regime semiaberto.
O caso – O MPF apresentou, em 2006, denúncia imputando a José Aldeir a participação em procedimentos licitatórios fraudulentos realizados no município de São João do Rio do Peixe preliminares às contratações das obras, objeto dos Convênios nº 757/96 e 006/96, celebrados, respectivamente, com o Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) e com a Fundação Nacional de Saúde (FNS).
No julgamento da Ação Penal (APE 37/PB), ocorrida em 2012, o Pleno do TRF5 concluiu que os recursos públicos repassados pela União Federal ao município de São João do Rio do Peixe, à época do mandato do ex-prefeito José, saíram do âmbito municipal, sendo repassados para terceiros, o que se demonstrou, por meio do pagamento integral e antecipado a empresas vencedoras de licitações fraudulentas, sem que tenha sido observada a contraprestação acordada nos convênios, entendendo configurado o desvio de verbas públicas (artigo 1º, inciso I, do Decreto-lei nº 201/67).
José e o vice, Francisco Sales Marques de Sousa foram condenados à pena de inabilitação, pelo prazo de cinco anos, para o exercício de cargo ou função pública, eletivo ou de nomeação, bem como a perda de cargo que eventualmente ocupem. Foram condenados, ainda, à pena de reclusão, a ser, inicialmente, cumprida em regime semiaberto (José Aldeir Meireles de Almeida, 5 anos e 8 meses e Francisco Sales Marques de Sousa a 4 anos e 3 meses), além do pagamento solidário de indenização no valor total de R$ 203.921,58, em favor do FNDE e da FNS.